İlk bilinen adıyla Anadolu Havalimanı Anadolu Üniversitesi Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi'ne aittir. İki Eylül Kampüsü’nde yer alır ve 1983 yılında hava taşımacılığına izin verilmiştir. Eskişehir Hava Üssü ile birlikte iki büyük hava taşımacılığı sahasından biridir. İlk seferini 25 Temmuz 2005 yılında Brüksel’e gerçekleştirmiştir. İlk seferden iki yıl sonra yani 2007 yılından bu zamana iç ve dış hatlarda hizmetini sürdürür. 21 Haziran 2007 yılında İstanbul Atatürk Havalimanı ile karşılıklı seferlere başlamıştır. Fakat iki şehrin birbirne yakın oluşu, demiryolu seçeneği ve en önemlisi hızlı trenin hayata geçmesi uçağa olan talebi düşürmüştür. Bu yüzden seferler kalkmıştır. Fakat dış hatlar ve Diyarbakır, Trabzon gibi iç hatlar seferlerinde düzenlemeler yapılarak sürdürülmüştür.